標準規定了食品加工用菌種制劑生產過程中原料采購、菌種的使用與管理、加工、包裝、貯存和運輸等環節的場所、設施、人員的基本要求和管理準則。主要內容包括：

1）范圍：明確適用于食品加工用菌種制劑的生產，不適用于直接食用的產品以及固態發酵工藝生產的酒曲、紅曲等；

2）術語和定義：本標準與食品產品標準《食品加工用菌種制劑》（GB 31612-2023）同步發布，因此“食品加工用菌種制劑”的術語定義直接引用該產品標準中的定義；

3）廠房和車間：規定了菌體富集、乳化、干燥、混合和內包裝應為清潔作業區，以及清潔作業區和準清潔作業區的空氣潔凈度控制要求；

4）衛生管理：規定了防控噬菌體污染的要求；

5）生產過程的食品安全控制：按照菌種制劑生產工藝的環節，對每個環節的食品安全相關措施進行了規定。